Con la licitación LA-07-H0M-007H0M001-N-6-2025 que tiene el objetivo de identificar, prevenir y mitigar posibles afectaciones a los recursos hídricos en la zona por donde pasa el Tren Maya, la Secretaría de la Defensa Nacional (Defensa) y los líderes del proyecto están reconociendo que el tren contamina los cuerpos de agua de la Selva Maya, consideran ambientalistas.
Con videos, el espeleólogo, Guillermo DChristy, denunció que no se escuchó a expertos ni a la sociedad civil cuando advirtieron que la corrosión del acero de las pilas y los metales podrían contaminar cenotes, ríos y arrecifes, y advirtió el peligro de contaminación del agua por la perforación e hincado de más de 15 mil pilas de concreto y acero en el segundo acuífero más importante del país bajo el tramo 5.
