De nueva cuenta la construcción del Tren Maya se ve rodeada de controversia y pone en duda la transparencia en el uso que se está haciendo de los recursos financieros que se han utilizado.
Debido a distintas irregularidades en la ejecución o estimación de los trabajos, así como a la falta de comprobación y dictámenes de valuación, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) solicitó a Fonatur que aclare 785.3 millones de pesos ejercidos durante 2022 en la construcción del Tren Maya.